Lợn rừng lai là vật nuôi mới được lai tạo, sức đề phòng cao, ít dịch bệnh. Tuy nhiên, Lợn rừng lai cũng thường bị một số bệnh như dịch tả, tiêu chảy, tụ huyết trùng, lở mồm long móng, bệnh sán lá, bệnh ghẻ lở và một số bệnh khác. Cần áp dụng tốt các biện pháp an toàn sinh học. Khi thời tiết thay đổi hoặc trạng thái sức khoẻ đàn lợn có biểu hiện bệnh, cần thiết phải bổ sung kháng sinh vào thức ăn hoặc nước uống cho lợn theo quy trình dùng thuốc[22] Tiêm phòng vắc xin định kỳ các loại bệnh như: Lở mồm long móng, dịch tả, phó thương hàn, Thì tẩy giun, sán cho Lợn là quan trọng giúp Lợn ít bị bệnh, nhanh lớn[19][25].

Khi Lợn rừng lai mắc một số bệnh về đường tiêu hoá có thể dùng các loại thuốc trị đau bụng, sình bụng, đầy hơi, khó tiêu cho uống hay chích, hoặc có thể dùng 5–10 kg rau dừa dại cho Lợn ăn hoặc bổ sung thức ăn, nước uống đắng, chát như ổi xanh, cà rốt, rễ cau, rễ dừa cũng có thể khỏi[26]. Lợn rừng lai là loài ăn tạp nên dễ mắc bệnh ngộ độc thức ăn, nhất là thức ăn ẩm mốc, ôi thiu. Triệu chứng rõ nhất bệnh này là Lợn bị đau bụng, nôn mủa, đi đứng lảo đảo, cón bị bại hai chân sau, mắt mờ…Khi điều trị cần biết rõ nguyên nhân làm cho Lợn bị ngộ độc thì mới có cách chữa trị. Việc đầu tiên phải cho Lợn nôn mửa hết những thức ăn còn chứa trong dạ dày. Sau đó cho uống thuốc giải độc như sulfate de fe. Cho Lợn uống thật nhiều nước hoặc sửa để rửa máu [25]

Ký sinh trùng ngoài da có các loại ve, ghẻ, ruồi, muỗi..ít khi bám trên da hút máu và truyền bệnh ở Lợn rừng lai. Với đặc tính hoang dã nên Lợn rừng lai không sợ muỗi, côn trùng tấn công. Trường hợp Lợn bị ký sinh trùng ngoài da, có thể dùng thuốc sát trùng bôi, xịt. Để đề phòng bệnh ký sinh trùng ngoài da cho Lợn rừng lai, nên định kỳ vệ sinh, sát trùng chuồng trại và môi trường xung quanh[1] Bệnh chấn thương do tranh giành thức ăn, hay lúc đùa giỡn gây ra, có thể dùng Vime-Iodine bôi lên vết thương. Vết thương có khả năng tái tạo nhanh nên mau lành.

Kinh nghiệm nuôi Lợn rừng lai ở các trang trại cho biết khi cho Lợn ăn lá cây keo dậu (Lencaenna leucocephala) thì vừa là cung cấp thức ăn xanh vừa là thuốc tẩy giun đũa khá hiệu nghiệm. Bệnh giun phổi lợn do những giun tròn Metastrongylus ký sinh ở khí quản, phế quản. Khi mắc bệnh con vật gầy còm, ho nhiều, mệt mỏi, kém ăn, ngày càng khó thở và nếu nặng quá có thể chết. Bệnh giun phổi Lợn dễ xuất hiện sau những trận mưa dài ngày, giun đất có ấu trùng gây nhiễm mà Lợn ăn vào dễ gây bệnh giun phổi Lợn.